Under undersøkelsen ligger du vanligvis på ryggen på benken. Du får beroligende medisin før undersøkelsen starter. På fingeren får du en liten klemme som måler surstoffinnholdet i blodet ditt. Hvis surstoffinnholdet i blodet går ned under undersøkelsen, vil du få tilført ekstra surstoff gjennom en slange i nesen.
Når legen fører skopet ned gjennom halsen, vil slimhinnen bli bedøvd med lokalbedøvelse via en liten kanal i bronkoskopet. Dette kan føre til forbigående hoste.
Under selve undersøkelsen vil legen kunne inspisere slimhinnene i de største og mellomste luftveiene. Her kan det tas vevs- og celleprøver for videre undersøkelse. Denne prøvetakingen medfører ingen smerter.