Selve operasjonen skjer i narkose. Den varer omlag to timer. Det blir barbert bort noe hår bak det øret som skal opereres.

Under operasjonen blir mottakeren og ledningen med elektroder operert på plass. Dette utføres via et snitt i huden bak øret og det borres i beinet bak øret for å få plassert ledningen inn i sneglehuset. Etter operasjonen sys huden igjen. Da er det ingen åpne sår eller ledninger som går gjennom huden. Imidlertid er det mulig å kjenne en liten forhøyning der mottakeren er plassert bak øret.

I løpet av inngrepet blir det kontrollert at implantatet fungerer og at det er riktig plassert i det indre øret før man avslutter operasjonen.

Når du våkner fra narkosen kommer du til først til en oppvåkningsavdeling og i løpet av noen timer kommer du tilbake på sengeposten. De fleste blir inneliggende til neste dag etter operasjon. 

Etter operasjonen har du på en bandasje over operasjonssåret.

Det pleier ikke å være spesielt mye smerter etter operasjonen. Det er greit å bruke paracet dersom du føler behov for det de første dagene.

Du må unngå å blåse nesen, tunge løft og anstrengelse i de første ukene etter operasjonen.

Selv om bivirkninger er sjeldne bør man vite om:

• Forbigående svimmelhet er relativt vanlig. Svimmelhet som varer lengre kan også forekomme, men det er sjelden.
• De fleste som plages av tinnitus opplever at CI gir dem lyd som maskerer tinnitus. Noen kan oppleve forverring, men det er uvanlig.
• Tekniske feil forekommer, til tross for at implantatet er nøye sjekket før det settes inn. Det kan medføre at implantatet må skiftes ut.
• Implantatet kan fungere i 25-30 år eller lenger. Men i løpet av et livsløp må man regne med at det må skiftes ut.
• Ansiktsnerven passerer i operasjonsområdet og skade på denne kan gi forbigående eller permanent (svært uvanlig) ansiktslammelse.
• I sjeldne tilfeller kan CI-stimuleringen også medføre stimulering av ansiktsnerven og gi ansiktsrykninger.
• Smaksforstyrrelser på tungen forekommer, men er oftest forbigående og sjeldent problematisk på lengre sikt.
• Infeksjon i sårområdet kan forekomme, og i sjeldne tilfelle gjøre at implantatet støtes ut. Hvis dette skjer, kan man som regel sette inn et nytt senere.
• Det finnes en meget liten, men dog økt risiko for hjernehinnebetennelse etter CI-operasjonen. Dette er fordi man åpner det indre øret. Derfor er vaksinasjon mot de vanligste bakteriene (pneumokokker) som gir ørebetennelse et krav for barn, og anbefalt til voksne. Vaksinasjonen inngår i vaksinasjonsprogrammet for barn siden 2008. 
• MR-undersøkelse er oftest mulig, men er avhengig av type implantat. Implantatene inneholder en magnet som kan påvirkes av MR maskinen. Det er meget nøye regler i forhold til de ulike implantatene. Du må derfor alltid opplyse om at du har CI før MR undersøkelse.
• Man må alltid oppgi at man har CI i forbindelse med annen kirurgi, fordi noe medisinsk utstyr (for eksempel diatermi) kan påvirke og ødelegge CI.
• Man kan ikke regne med å kunne gå tilbake til høreapparat i et CI-operert øre fordi hørselsresten i de fleste tilfeller forsvinner.